Единоличным исполнительным органом МАУК ДО «ДМШ №3 имени Д. Д. Шостаковича» является директор Школы, который осуществляет текущее руководство ее деятельностью.
Коллегиальными органами управления Школы, обеспечивающими государственно-общественный характер управления, являются Общее собрание работников Школы, Педагогический совет, Наблюдательный совет, Методический совет, Совет школы.

Структура, порядок формирования, срок полномочий и компетенция органов управления образовательной организацией, порядок принятия ими решений устанавливаются Уставом образовательного учреждения, соответствующими локальными актами, принимаемыми Школой и утверждаемые директором.